Rozvoj zemědělství, budování odvodňovacích a zavlažovacích kanálů, pytláctví, pastva dobytka a kácení dřevin podél řek způsobily, že v roce 1999 byl ve volné přírodě zaznamenán alarmující počet pouhých 350 jedinců. Tato skutečnost vedla ke vzniku záchranného programu na území čtyř států – Uzbekistánu, Kazachstánu, Turkmenistánu a Tádžikistánu.
Původním biotopem jelena bucharského, místními nazývaný též „hangul“, jsou keřovité porosty v blízkosti řek Amudarja a Syrdarja a vyprahlé oblasti polopouští zasahujících až do suchých podhorských oblastí. Na rozdíl od jiných poddruhů jelena jsou schopni žít v místech, kde letní teplota dosahuje více než 45° C.
Druhové jméno dostal podle provincie Buchara v Uzbekistánu. Zoopark Chomutov je jediná česká zoologická zahrada, která chová jelena bucharského, navíc je pověřena vedením Evropské plemenné knihy. Chovem se zabývá od roku 2003 a každoročně odchovává mláďata.